En 1112, Bernard de Fontaine entre à l'abbaye de Cîteaux
En 1115, Étienne Harding l’envoie à la tête d'un groupe de moines pour fonder« Clairvaux »
1118, fondation de la première fille de Clairvaux : Trois-Fontaines (Marne).
1118, fondation de Fontenay
En 1129, Bernard de Clairvaux participe à la création de l’ordre des Templiers au  Concile de Troyes et rédige la règle des Templiers
1131, transfert sur le lieu actuel de l'abbaye
En 1146, le jour de Pâques, au pied du versant nord de la colline de Vézelay il prêche la deuxième croisade


Si Saint-Bernard n'a pas fondé l'ordre cistercien, il a fait son succès à travers l'Europe entière, à sa mort, Cîteaux comptait alors près de 350 monastères, plus de 160 se réclamaient de la filiation de Clairvaux, 66 avaient été directement fondés par Bernard. L’Ordre constitue en Bourgogne les formes de l’architecture que les moines porteront de tous côtés.

Les abbayes Cisterciennes sont la représentation visible d'une éthique suscitée par l'enseignement de saint-bernard (autarcie et solitude) l’art et la manière cistercienne de construire est inséparable d'une morale, qu'il incarnait.

L'abbaye de Fontenay regroupe dans son enclos tout ce dont les moines avaient besoin pour les travaux de l'esprit et du corps. Autour du cloître, une parfaite harmonie s'organise. L’église, vaste vaisseau de pierre à la forme d’une croix latine dont le plan sera copié de la Sicile à la Scandinavie, la salle capitulaire surmontée du dortoir, le scriptorium, le chauffoir. Les jardins fruitiers et potagers, le moulin et la forge médiévale alimentée par une dérivation de la rivière sont les lieux de travail des frères convers.

En 1139, un prélat anglais, Ebrard, évêque de Norwich, abandonna son évêché à la suite de persécutions et vint à Fontenay chercher le repos dans la paix et la solitude. Fortuné, il résolut d’employer ses biens à la construction d'une vaste église qui fut achevée et consacrée le 21 septembre 1147, par le pape Eugène III. A sa mort, Ebrard y fut enseveli, sa tombe est placée dans le choeur devant le maître-autel.

Au XIIIe siècle une ordonnance royale exempta l’abbaye de tout droit fiscal et autorisa ses moines à circuler dans tout le royaume sans payer de tribut, ce qui fit donner à Fontenay le titre d'Abbaye royale, c'est aussi pour cette raison qu'une fleur de lis figure dans ses armoiries.

Si au début du XIVe siècle l’abbaye connut une grande prospérité, la guerre de Cent Ans et les bandes armées, qui ravageaient et rançonnaient la Bourgogne, attaquèrent le monastère,période qui durera jusque vers 1459. A la fin du XVe siècle où Charles VIII prend Fontenay sous sa protection et début du XVIe, l’abbaye connut une période de grande prospérité créant succursales et dépendances. Cette période s’acheva avec les guerres de religion et c’est surtout l’établissement du régime de la commende en 1557 qui précipita l’abbaye dans la décadence.

La Révolution consacra la ruine de Fontenay, vendue avec ses terres bois et vignes comme bien national, en 1791, les bâtiments sont réutilisés pour une usine de papeterie, rachetée en 1820 par Élie de Montgolfier. Les machines envahissent alors les bâtiments et l'activité industrielle s'étend progressivement dans toute la vallée de Fontenay. En 1906 l'abbaye est rachetée par le banquier lyonnais Édouard Aynard, époux de Rose de Montgolfier, qui en entreprend une restauration exemplaire. Après lui, ses descendants parachèvent la renaissance de Fontenay.
Complétant cette architecture romane, l'ancien palais abbatial du XVIIe siècle et le jardin à la française s’ajoutent au charme de l'endroit qui fut couronné par l'inscription sur la liste du Patrimoine mondial (UNESCO), en 1981.



A noter aussi que c'est à la Fontaine de l'Orme, sur le domaine de Fontenay, que se sont faits, en 1830, les premiers essais de pisciculture en Europe, par MM. Hyvert et Pilachon.